园林植物园，位于厦门市区中山公园东南方，狮山、五老峰北面。建于1960年，是围绕万石岩水库精心设计的园林，多年来，有规模地引种非洲、美洲、澳洲和东南亚各国的热带、亚热带植物5000多种，其中有被人称为“活化石”的水杉、银杏，世界三大观赏树—中国金钱松、日本金松、面洋杉，有难以数计的名贵仙人掌，是一座秀丽多姿、四季飘香的游览园林。现已建成20多个专类园区，形成以“科学内容、公园外貌”为特征，融科学技术与园林园艺，自然与人工于一处的园林式植物园。园内广植奇花异木，更有漫山的青竹、苏铁、松树和棕榈，把万石山点缀得苍翠欲滴。全园乔灌木约180万株，这里有著名的热带、亚热带植物园的各个园区，有万石山上山峦叠嶂的各类岩景，面积26平方公里，其中植物园区面积2.27公顷，草坪面积1.5公顷，绿地面积213.6公顷。植物园的各个园区，环绕在万石湖周边，它是以中国式的园林布局装饰，主要园区有：松杉园、竹径、蔷薇园、新碑林、小桃源、棕榈岛、百花厅、南洋杉草坪、引种驯化区、仙人掌区、玫瑰园、龙眼荔枝园、药用植物区、兰花圃等29个专类植物区，且园内有水，并饰以楼、台、亭、阁及现代化娱乐、体训设施，是一个风景秀丽、花草芬香的游览娱乐园区。

　　南洋杉疏林草地

　　多简称为南洋杉草地，是进入植物园内第一个具有明显特色的植物景观区，位于万石岩水库南则，跨钟鼓隧道，是一低丘及延伸缓坡地，面积达12公顷。以高大挺拔的南洋杉科植物为主导，以大面积草坪为基础，恰到好处地利用缓坡地表现高、大、宽、广意境。延伸至钟鼓隧道的山坡上则是成片南洋杉，现亦已成林，在万石群山中，以其深厚的墨绿色浓抹一方而格外醒目。南洋杉为世界著名观赏树种，主要分布在热带，植物园现7种，主要植于南洋杉草地，是目前国内该科品种较多的专类园。在南洋杉草地内尚有国家领导人种植纪念 树多株，其中有邓小平同志1984年视察厦门时莅园所植磊叶樟，不少游客在此驻留影。在草坪一端有百龄亭。建亭碑记由厦门著名方志专家方文图撰文、书法家谢澄光书写。

　　松杉园

　　位于万石湖西边，园内有小池一口，池边有松鹤亭，亭的对面有一块岩石刻着"松鹤园"三字，池中有五只仿真白鹤，有的展翅欲飞，有的停立水中观望，有的觅食池中，有的休息，各种形态都很逼真。园内种植的松、杉、柏、桧等七八十种，其中最引人注目的有古代孑遗植物--水杉、银杏，这是200万年前冰川年代遗留下来的稀贵的树种，被人们称为“活化石”。此外，还有世界四大观赏树，即中国金钱松、日本金松、南洋杉、意大利柱柏。这几种树，树姿优美，百看不厌，被称为风景树。松杉园后面还有前美国总统尼克松访华时赠送的“世界爷”--红杉以及智利南洋杉等。

　　此外，在美丽的莲花池中生长着植物界奇物“王莲”，叶面直径2米。更奇特的是叶边缘上卷20公分，可负重70多公斤，男孩女娃可坐在叶面上，煞是好看。

　　标本楼

　　是一个万紫千红的百花园，一年四季花期常在。春有杜鹃、三色槿；夏有凤仙、荷花；秋有桂花、菊花；冬有腊梅、一品红等。观花的有月桂、万寿菊；观叶的有文竹、变叶木；观茎的有佛肚竹、竹节蓼；观果的有佛手、四季桔；观芽的有银柳等。此外，还有世界十大名花：即“花魁”的梅花、“花中之王”的牡丹、“花中皇后”月桂、“高风亮节”的菊花、“花中君子”兰花、“花中西施”的杜鹃、“花中珍品”茶花“水中芙蓉”荷花、“凌波仙子”水仙花以及芍药、厦门市花三角梅(红、橙、白、紫均有)。还有世界名花，如非洲的鸡冠花、长寿花、天竺葵，美洲的长春花、月下香、竹节海棠、欧洲金鱼草、南洋白纸扇、狗尾红等。在标本楼中，最引人注意的是一盆古榔榆盆景，树龄300多年，造型优美，已制成盆景邮票，1972年，曾送北京参加全国盆景展览。

　　竹径

　　出松杉园沿半岭山麓、万石岩水库北侧步游道，游客行于幽篁竹经中，这里是植物园的竹类植物区，引种有以丛生竹为主的观赏竹种类近两百种。

　　棕榈园：

　　位在万石湖上方，因种棕榈而命名，也称棕榈岛。此处有六七十种外来乔木。其中有“林中美人”柠檬桉、鱼尾葵、蒲葵、意大利棕、西印度箬棕、大王椰子、"世界油王"油棕、印尼糖棕等，这些棕榈，不仅美化环境，供人观赏，而且其中不少具有很高的经济价值。

　　多肉植物园圃

　　位于太平山主峰南侧，在紫云岩左上侧，是植物园近年建园向东拓展的一个别具风情的新展区。展区已建主展室，微沙漠及配套管理房，室内外以多肉植物为特色，为巨型透明螺壳，有盆栽仙人球掌、仙人柱、仙人球、仙人鞭等，其中最突出的是“金球刺鱼虎”仙人球，生长30多年，直径90多公分，是“仙人球之王”。仙人柱高达3米，算是罕见的一种。据说，厦门仙人掌科植物有500多种，名列全国第一，仙人掌有极高的观赏价值、药用价值、经济价值和科研价值。它是研究植物分类学和植物进化的重要标本。

　　室外利用原有谷地辟建了具一定规模的拟沙漠人工生态环境，结合雨水排放设置旱河；保留原有巨石蓄水为池；沿池、沿河植适合厦门室外生长种类，形成沙漠绿洲景观。沙丘起伏，旱河纵横，绿洲随见，别致的展室，奇姿奇趣的多肉植物，构筑成万石丛中的多肉植物王国。

　　引种驯化区

　　本工与百花厅展览温室紧邻，是建园以来收集植物品种的主要基地，室外及温室栽培保留植物近全园一半种类，由于面积有限，设施较陈旧，根据规划，引种驯化区将移至西山水库南侧，届时，全园引种驯化层次亦将上新台阶。

　　百花厅

　　建于1979年，作为名花展览馆，连同温室，苗圃等引种驯化区，形成植物园里一组新的建筑群，一处独具风格的游览点。百花厅面积1000多平方米，共有五个展览厅，还有回廊、曲桥、水榭串连其间，环绕着面积1100平方米椭园形荷花池。

　　百花厅除展出珍贵百花之外，还展览以植物园为主题的几百幅书法绘画作品，还有众多名人的题词诗联，故百花厅也是一个艺术厅，让游人欣赏动、静的艺术。